文科省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」HPCI戦略分野2「新物質・エネルギー創成」

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ホーム > 基盤ソフトウェアについて > 高並列汎用分子動力学シミュレーションソフト MODYLAS

高並列汎用分子動力学シミュレーションソフト MODYLAS

主な計算手法・機能

ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法を備えている

1000万原子系
5ms/step

  • Long-ranged interaction
    PME、FMM-Ewald
  • Ensemble
    NVE、NVT、NPT
  • Constraint
    SHAKE/ROLL、RATTLE/ROLL
  • Time evolution
    RESPA、Multiple Time Step
  • Free Energy
    Thermodynamic Integration
  • Force Field
    CHARMM、OPLSAA、AMBER
同様なアプリとの違い 高効率の超並列計算が可能。数万から1000万程度の原子系の長時間計算
サポートプラットフォーム 京、FX/10、PCクラスター(Linux)
ライセンス条件
  1. MODYLASのライセンスに従う
  2. 論文の引用
推奨プリポスト Nano-Ignition、VMD、CHARMM、NAMD、GROMACS、LAMPS入力
webサイト MOlecular DYnamics software for LArge System

MODYLASでできること

  • 大規模系全原子分子動力学計算
  • 多様な自由エネルギー計算

ミセルの生成(吉井)

可溶化

細胞膜(安藤)

薬効と副作用(大日本住友製薬)

粗視化シミュレーション(篠田)

ウイルスカプシド

高分子粘着剤(日東電工)

側面からの剥離観察

メタンハイドレート(岡山大)

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