文科省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」HPCI戦略分野2「新物質・エネルギー創成」

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エネルギー表示法に基づく自由エネルギー計算ソフト ERmod

主な計算手法・機能 エネルギー表示法による溶液系・ナノ不均一分子集合系の全原子自由エネルギー計算
同様なアプリとの違い
  • 適用対象の広さ
    溶液(非水系やイオン液体、超臨界流体も含む)、脂質膜、ミセル、タンパク質、および、高分子系における物質分配の自由エネルギー解析
  • 早くて正確
    問題とする溶液系と参照溶媒系のみの分子シミュレーションからエネルギー表示溶液分布関数理論によって、自由エネルギーを計算
サポートプラットフォーム 京、FX/10、PCクラスター(Linux)、PC(Linux)
ライセンス条件 開発者との合意に基づく
webサイト ERmod
ソースコード・利用説明書を公開、サンプルデータも用意

ERmodでできること

以下の計算が数十分~1日でできます。

PCで

  • 水や有機溶媒中での小分子の溶媒和自由エネルギーの計算(log Pなど)

PCクラスター(Linux)で

  • 小分子の溶媒和自由エネルギーの網羅的計算
  • 均一溶媒系(混合溶媒も含む)における、百残基程度のタンパク質丸ごとの自由エネルギー計算
  • 脂質膜系やミセル系への小分子やペプチドの結合自由エネルギーの計算
  • 高分子系への小分子の結合自由エネルギーの計算

京で

  • 数百残基の大きなタンパク質丸ごとの自由エネルギー計算
  • タンパク質ー脂質膜相互作用

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